Die Gemeinde Affoltern i.E. arbeitet im Bereich Sekundarstufe I eng mit der Gemeinde Rüegsau zusammen. Unsere Schülerinnen und Schüler auf dem Niveau Sek besuchen die Sekundarschule in Rüegsau.
Ab dem Schuljahr 2023/2024 wird gemäss Beschluss der Gemeindeversammlung die ganze Oberstufe nach Rüegsau ausgelagert. Aufgrund der kleinen Klassengrösse wird in diesem Schuljahr 2022/2023 die Realklasse (7.-9. Klasse) zusammen mit der Primarklasse 5./6. geführt.
Die Spezial- und Gruppenräume werden gemeinsam mit der Primarstufe genutzt.